updated documentation, especially added a warning not to modify these files inside a project

cmake/FindPROJECT_NAME.cmake.in.in

+#######################################################################################################################
 #
 # cmake module for finding @PROJECT_NAME@
 #
@@ -12,6 +13,19 @@
 #
 # @author Martin Killenberg, DESY
 #
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+
+#######################################################################################################################
+#
+# IMPORTANT NOTE:
+#
+# DO NOT MODIFY THIS FILE inside a project. Instead update the project-template repository and pull the change from
+# there. Make sure to keep the file generic, since it will be used by other projects, too.
+#
+# If you have modified this file inside a project despite this warning, make sure to cherry-pick all your changes
+# into the project-template repository immediately.
+#
+#######################################################################################################################
 
 # The library itself must be "searched" using the FIND_LIBRARY command in the known install directory, to set
 # the variable properly

cmake/Makefile.coverage.in

+#######################################################################################################################
+#
+# Additional make target for generating a code coverage report.
+#
+#######################################################################################################################
+
+#######################################################################################################################
+#
+# IMPORTANT NOTE:
+#
+# DO NOT MODIFY THIS FILE inside a project. Instead update the project-template repository and pull the change from
+# there. Make sure to keep the file generic, since it will be used by other projects, too.
+#
+# If you have modified this file inside a project despite this warning, make sure to cherry-pick all your changes
+# into the project-template repository immediately.
+#
+#######################################################################################################################
+
 coverage:
 	rm -f `find . -name "*\.gcda"`
 	make test

cmake/Modules/FindDOOCS.cmake

+#######################################################################################################################
 #
 # cmake module for finding DOOCS
 #
@@ -15,6 +16,19 @@
 #
 # @author Martin Hierholzer, DESY
 #
+#######################################################################################################################
+
+#######################################################################################################################
+#
+# IMPORTANT NOTE:
+#
+# DO NOT MODIFY THIS FILE inside a project. Instead update the project-template repository and pull the change from
+# there. Make sure to keep the file generic, since it will be used by other projects, too.
+#
+# If you have modified this file inside a project despite this warning, make sure to cherry-pick all your changes
+# into the project-template repository immediately.
+#
+#######################################################################################################################
 
 SET(DOOCS_FOUND 0)
 

cmake/PROJECT_NAME-config.in.in

 #!/bin/sh
+#######################################################################################################################
+#
+# Shell script to output compiler and linker flags for use in plain Makefiles or at command line.
+#
+#######################################################################################################################
+
+#######################################################################################################################
+#
+# IMPORTANT NOTE:
+#
+# DO NOT MODIFY THIS FILE inside a project. Instead update the project-template repository and pull the change from
+# there. Make sure to keep the file generic, since it will be used by other projects, too.
+#
+# If you have modified this file inside a project despite this warning, make sure to cherry-pick all your changes
+# into the project-template repository immediately.
+#
+#######################################################################################################################
 
 print_usage(){
     echo -n "usage: $0 [--version] [--cppflags] [--ldflags]" 1>&2
@@ -14,9 +31,9 @@ if  [ $# -eq 0 ]; then
     exit 1
 fi
 
-#The variables are all prepared in CMAKE and also provided by
-#Find@PROJECT_NAME@.cmake, so dependent applications can create consistent
-#Makefiles.
+# The variables are all prepared in CMAKE and also provided by
+# Find@PROJECT_NAME@.cmake, so dependent applications can create consistent
+# Makefiles.
 while [ $# -gt 0 ]; do
     case "$1" in
       --cppflags)

cmake/create_cmake_config_files.cmake

@@ -15,6 +15,18 @@
 #
 #######################################################################################################################
 
+#######################################################################################################################
+#
+# IMPORTANT NOTE:
+#
+# DO NOT MODIFY THIS FILE inside a project. Instead update the project-template repository and pull the change from
+# there. Make sure to keep the file generic, since it will be used by other projects, too.
+#
+# If you have modified this file inside a project despite this warning, make sure to cherry-pick all your changes
+# into the project-template repository immediately.
+#
+#######################################################################################################################
+
 # create variables for standard makefiles
 set(${PROJECT_NAME}_CXX_FLAGS_MAKEFILE "${${PROJECT_NAME}_CXX_FLAGS}")